به گفته سه مقام مطلع ایرانی که با برنامه‌های اضطراری جنگی آشنا هستند، خامنه‌ای همچنین برای فرماندهان ارشد نظامی - در صورتی که آن‌ها نیز در حملات اسرائیل کشته شوند - جایگزین‌هایی تعیین کرده است.
بر اساس گزارش نیویورک‌تایمز، این اقدامات بی‌سابقه، تصویری نادر از وضعیت بحرانی در رأس نظام جمهوری اسلامی ترسیم می‌کند. وضعیتی که به گفته ناظران، بیان‌‌کننده نگرانی عمیق رهبر ۸۶ ساله جمهوری اسلامی از احتمال کشته شدن و نیاز به تضمین انتقال فوری قدرت است.
منابع مطلع در این گزارش، اعلام کردند خامنه‌ای خواستار آن شده که مجلس خبرگان در صورت کشته شدن او، یکی از این سه نفر را به‌سرعت و بدون تأخیر، به‌عنوان رهبر جدید جمهوری اسلامی انتخاب کند تا بقای نظام تضمین شود.
اختلال در زنجیره فرماندهی و نگرانی از نفوذ
رهبر جمهوری اسلامی هم‌اکنون در یک پناهگاه زندگی می‌کند و ارتباطات الکترونیکی‌اش را برای جلوگیری از شناسایی مکانش قطع کرده است.
فرماندهان سپاه پاسداران و مقامات بلندپایه نیز به مکان‌های زیرزمینی منتقل شده‌اند.
وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی استفاده از تلفن همراه و ابزارهای دیجیتال را برای مقامات ممنوع کرده و هشدار داده است «هرگونه همکاری با دشمن، پس از پایان ضرب‌الاجل تعیین‌شده»، با مجازات اعدام روبه‌رو خواهد شد.
در حملات اسرائیل به مواضع جمهوری اسلامی در ایران و به‌ویژه در تهران که از ۲۳ خرداد آغاز شده، به گفته مقام‌های ایرانی، خسارتی بیشتر از کل جنگ با عراق به پایتخت وارد آمده و ده‌ها فرمانده ارشد نظامی جمهوری اسلامی کشته شده‌اند.
نیویورک‌تایمز همچنین نوشت یکی از مشاوران ارشد محمدباقر قالیباف، رییس مجلس شورای اسلامی، در یک فایل صوتی گفته است: «همه فرماندهان ارشد ما در کمتر از یک ساعت ترور شدند.»
او اعتراف کرده که جمهوری اسلامی نتوانسته است ماه‌ها برنامه‌ریزی اسرائیل برای انتقال موشک و پهپاد به داخل کشور را شناسایی کند.
با این حال، خامنه‌ای در دو پیام ویدیویی ضبط‌شده گفته است که «ملت ایران در برابر جنگ تحمیلی ایستادگی خواهد کرد» و تسلیم نخواهد شد.
هفته گذشته، ایران اینترنشنال به نقل از دو منبع مطلع از داخل ایران خبر داد که علی خامنه‌ای ساعاتی پس از آغاز حملات اسرائیل به تهران در بامداد جمعه، به پناهگاهی زیرزمینی در لویزان، واقع در شمال شرق تهران، منتقل شد.
طبق این گزارش، همه اعضای خانواده رهبر جمهوری اسلامی، از جمله مجتبی، در کنار او به سر می‌برند. این درحالی است که در جریان عملیات‌های «وعده صادق» یک و دو نیز خانواده خامنه‌ای به پناهگاه منتقل شده بودند. در آن زمان مجتبی کنار او بود، اما دو پسر دیگرش، مسعود و مصطفی، او را همراهی نمی‌کردند.
سی‌بی‌اس‌نیوز: غرب در حال ارزیابی گزینه‌های اداره ایران پس از جمهوری اسلامی است
از سوی دیگر، شبکه خبری سی‌بی‌اس نیوز هم در گزارشی اختصاصی اعلام کرد که مقامات ایالات متحده و دیپلمات‌های اروپایی، همزمان با افزایش تنش‌ها میان حکومت ایران و اسرائیل، در حال بررسی سناریوهایی درباره آینده حکمرانی در ایران در صورت فروپاشی احتمالی نظام جمهوری اسلامی هستند.
به‌نوشته این شبکه آمریکایی، در پشت‌صحنه مذاکرات و رایزنی‌های دیپلماتیک، گفت‌وگوهایی محرمانه در جریان است درباره این‌که اگر حکومت ایران در نتیجه تشدید بحران فرو بپاشد، چه کسی رهبری کشور را بر عهده خواهد گرفت، چگونه می‌توان تاسیسات و ذخایر هسته‌ای ایران را ایمن‌سازی کرد و خطرات زیست‌محیطی و بهداشتی ناشی از حمله احتمالی به مراکز هسته‌ای را چگونه می‌توان کنترل کرد.
این گزارش همچنین اشاره می‌کند که دونالد ترامپ، رئیس‌جمهوری آمریکا، با وجود تردید نسبت به تمایل واقعی رهبران حکومت ایران به مذاکره، علاقه‌مند به پرهیز از درگیری مستقیم نظامی با ایران است، مگر آن‌که سناریویی روشن برای دوران پس از سقوط جمهوری اسلامی وجود داشته باشد.
در عین حال، مقامات اطلاعاتی ایالات متحده همچنان معتقدند که علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، دستور رسمی برای بازگشت به برنامه ساخت سلاح هسته‌ای را صادر نکرده، اما جمهوری اسلامی به میزان زیادی اورانیوم غنی‌شده در اختیار دارد که می‌تواند در صورت فرمان رهبری، به سرعت به سلاح اتمی تبدیل شود.
این گمانه‌زنی‌ها در شرایطی مطرح می‌شود که رایزنی‌های دیپلماتیک فشرده‌ای در ژنو، مسکو و واشینگتن جریان دارد و دولت‌های غربی در حال ارزیابی است که در صورت شکست مذاکرات و تشدید بحران، چه گزینه‌هایی برای مدیریت وضعیت پس از حکومت فعلی ایران باید در نظر گرفته شود.