خامنه‌ای در سومین پیام ویدیویی خود درباره جنگ ۱۲ روزه میان جمهوری اسلامی و اسرائیل گفت آمریکا به‌صورت مستقیم وارد جنگ با حکومت ایران شد، زیرا احساس کرد در صورت عدم مداخله، اسرائیل «به‌کلی نابود خواهد شد».
او افزود: «اینجا هم جمهوری اسلامی پیروز شد و سیلی سختی به گونه آمریکا نواخت.»
رهبر جمهوری اسلامی بدون اشاره به آتش‌بس و ضمن رد درخواست تسلیم حکومت گفت «با آن همه هیاهو و ادعا»، اسرائیل «زیر ضربات جمهوری اسلامی تقریبا از پا درآمد و لِه شد».
خامنه‌ای در ادامه پیام ویدیویی خود، به حمله موشکی جمهوری اسلامی به پایگاه آمریکایی العدید در قطر اشاره کرد و گفت: «در آینده هم این حادثه قابل تکرار است؛ در صورتی که تعرضی صورت بگیرد، هزینه دشمن قطعا هزینه بالایی خواهد بود.»
او اضافه کرد: «آمریکایی‌ها در حمله به تاسیسات هسته‌ای نتوانستند کار مهمی انجام دهند.»
رهبر جمهوری اسلامی از آغاز جنگ با اسرائیل به یک پناهگاه زیرزمینی منتقل شده و با وجود برقراری آتش‌بس میان دو طرف، همچنان این مخفیگاه را ترک نکرده است.
نیویورک‌تایمز نیز ۳۱ خرداد نوشت در پی حملات شدید اسرائیل به تهران، خامنه‌ای از پناهگاه خود سه روحانی ارشد را به‌عنوان جانشینان احتمالی‌اش معرفی کرده است.