او در گفت‌وگو با خبرگزاری تسنیم تأکید کرد که این مرکز به اینترنت متصل نیست و هیچ داده‌ای از علی شادمانی در آن ثبت نشده، چرا که او هرگز آزمایش دی‌ان‌ای نداده بود: «هیچ‌گونه نمونه ژنتیکی از سردار شادمانی در جریان شناسایی پیکر برادر شهیدشان اخذ نشده بود.»
با این حال، گزارش‌هایی که ارتش اسرائیل آن‌ها را نه تأیید و نه تکذیب کرده، مدعی‌اند اسرائیل با تحلیل داده‌های ژنتیکی و تصاویر دوربین‌های هک‌شده توانسته علی شادمانی را شناسایی و روز پنجم جنگ، در خیابان کمال طاهری در مجاورت کاخ سعدآباد تهران ترور کند.
شادمانی تنها چهار روز پیش از مرگ به سمت جانشینی قرارگاه خاتم‌الانبیا منصوب شده بود.
دختر او، مهدیه شادمانی، نیز گفته است پدرش در تعقیب و گریز با عوامل اسرائیلی کشته شد، نه بر اثر بمباران اتفاقی. به گفته رسانه‌ها، او پس از زنده ماندن از حمله‌ای به نشست شورای عالی امنیت ملی، چند ساعت بعد در نقطه‌ای دیگر هدف قرار گرفت.
عبدالرضا داوری، یکی از چهره‌های نزدیک به محمدباقر قالیباف مدعی شده بود که اسرائیل با نفود به زیرساخت‌های اطلاعات پزشکی موفق به استخراج بانک اطلاعاتی ژنتیک شامل DNA سردار شادمانی شده است.
