صدیقی در حالی امامت نماز جمعه تهران را بر عهده داشت که در هفته‌های اخیر، بازداشت فرزند و عروس او در ارتباط با یک پرونده فساد مالی و اقتصادی خبرساز شده است.
این پرونده ابتدا با بازداشت شش نفر از جمله پسر و عروس صدیقی علنی شد و گمانه‌زنی‌هایی درباره نقش خود او هم در این پرونده شکل گرفت.
در ۱۸ خرداد ۱۴۰۴، فارس به نقل از یک منبع آگاه نوشت: «پرونده متهمان با دقت و حساسیت ویژه‌ای در حال پیگیری است و دستگاه قضایی مصمم است تا بدون تأثیرپذیری از جنجال‌های رسانه‌ای، به صورت کاملاً تخصصی و مستقل به این پرونده رسیدگی کند. نظام جمهوری اسلامی در برخورد با فساد کوچکترین گذشتی ندارد و همانگونه که بارها شاهد بوده‌اید، بدون ملاحظه شخص یا گروه خاصی، با متخلفان برخورد قاطع خواهد شد. نتایج نهایی پس از تکمیل مراحل قانونی، به صورت رسمی اعلام می‌شود.»
پس از این، اصغر جهانگیر، سخنگوی قوه قضاییه، با اشاره به «بررسی‌ها و تحقیقات متقن» در پرونده فرزند و عروس کاظم صدیقی، امام جمعه تهران و رییس ستاد امر به معروف و نهی از منکر، اعلام کرد: «هیچ‌گونه تقصیری متوجه وی نیست و موردی در این راستا به اثبات نرسیده است.»
جهانگیر افزود صدیقی پیش‌تر نیز «تاکید داشته که از هرگونه اعمالی که در این پرونده منتسب به فرزند و همسر فرزندش است، تبری می‌جوید.»
سخنگوی قوه قضاییه ۲۰ خرداد در واکنش به بازداشت نزدیکان صدیقی گفته بود شش نفر در ارتباط با این پرونده بازداشت شده‌اند که پسر و عروس صدیقی دو تن از آنها هستند.
پس از این نماز جمعه تهران در ۲۷ تیرماه به امامت کاظم صدیقی برگزار شد که اعتراضاتی را از درون حکومت در پی داشت.
امروز اما رسانه‌های ایران با اعلام استعفای او خبر دادند که «خامنه‌ای ضمن تشکر از جناب آقای صدیقی برای اقامه نماز جمعه تهران در ۱۷ سال گذشته و ایراد خطبه‌های مفید و مؤثر در دفاع از نظام اسلامی و بیان توصیه‌های معنوی و اخلاقی در خطبه‌ها، با درخواست وی موافقت کرده است.»
